BMS aktywny to zaawansowana wersja systemu zarządzania akumulatorem, która – w odróżnieniu od BMS pasywnego – nie rozprasza nadmiaru energii z mocniej naładowanych ogniw w postaci ciepła, lecz aktywnie przekazuje ją do słabiej naładowanych ogniw w pakiecie. Balansowanie odbywa się więc poprzez realny transfer energii między ogniwami, a nie jej marnowanie. Dzięki temu BMS aktywny osiąga znacznie wyższą efektywność balansowania (dużo większe prądy wyrównawcze niż w wersji pasywnej), co przekłada się na szybsze wyrównanie napięć w pakiecie, mniejsze straty energii oraz dłuższą żywotność ogniw – szczególnie istotne w dużych, wielo-ogniwowych pakietach LiFePO4, gdzie różnice w pojemności poszczególnych cel mogą się z czasem pogłębiać. Wadą jest wyższa cena i bardziej skomplikowana konstrukcja w porównaniu do BMS pasywnego, dlatego aktywne systemy stosuje się głównie w profesjonalnych i większych magazynach energii.